Video: Come vengono assemblati i contigs negli scaffold?
2024 Autore: Miles Stephen | [email protected]. Ultima modifica: 2023-12-15 23:37
Quando si crea una bozza di genoma, vengono prima di tutto le letture individuali del DNA assemblato in contigs , che, per la natura della loro montaggio , hanno degli spazi tra di loro. Il prossimo passo è a quindi colmare le lacune tra questi contigs a creare un impalcatura . Questo può essere fatto utilizzando la mappatura ottica o il sequenziamento di coppie accoppiate.
Allo stesso modo, potresti chiedere, cosa sono i contigs e gli scaffold?
UN impalcatura è una porzione della sequenza del genoma ricostruita da cloni shotgun dell'intero genoma sequenziati alla fine. ponteggi sono composti da contig e lacune. UN contiguo è una lunghezza contigua della sequenza genomica in cui l'ordine delle basi è noto a un livello di confidenza elevato. In alcuni casi, impalcature può sovrapporsi.
Inoltre, cosa sono i contigs in bioinformatica? UN contiguo (da contiguo) è un insieme di segmenti di DNA sovrapposti che insieme rappresentano una regione di consenso del DNA. Contig può quindi riferirsi sia a sequenze di DNA sovrapposte che a segmenti fisici sovrapposti (frammenti) contenuti nei cloni a seconda del contesto.
A questo proposito, come vengono assemblati i contigs?
L'insieme della sequenza di DNA sovrapposta di frammenti di DNA è noto come a contiguo . contiguo la mappatura è un processo mediante il quale i cloni sovrapposti sono assemblato per sequenziare quella sovrapposizione. Si tratta di organizzare il contig in ordine e orientamento. Clone contig può essere automaticamente assemblato usando le loro sequenze BAC-end.
Perché i contig sono importanti?
contiguo l'assemblaggio è un'operazione importante passo nell'assemblaggio del genoma. Per la mappatura, i cloni sovrapposti vengono assemblati in sequenza che si sovrappongono. Ogni frammento viene clonato in un vettore e sequenziato da entrambe le estremità per produrre una lunghezza di sequenza di circa 600-700 bp. La sequenza da entrambe le estremità del frammento di DNA è chiamata estremità di coppia.
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